液体样品
　　液体样品比较容易获得，液态食品一般盛放在大罐中，取样时可连续或间歇搅拌。对于较小的容器，可在取样前将液体上下颠倒，使其混匀。取得的样品应放在已灭菌的容器中送往实验室，实验室在取样检测之前应当把液体再混匀一次。
　　固体样品
　　固态样品常用的取样工具有解剖刀、勺子、软木钻、锯、钳子等，使用前均须灭菌。如奶粉等已经混匀的食品，其成分质量均匀稳定，可以抽取少量样品检测；散装样品要从多个点取样，且每个点都要单独处理，在检测前要混匀；肉类、鱼类或类似食品既要在表皮取样，又要在深层取样，深层取样时要小心不要被表面污染。
水样
　　取水样时，用带有防尘磨口瓶塞的广口瓶。
　　如果样品时从水龙头上取得，龙头嘴的里外都应擦干净。打开水龙头让水流几分钟，关上水龙头并用酒精灯灼烧，再次打开水龙头让水流1-2min后再接样并装满取样瓶。如果检测的目的是用于追踪微生物的污染源建议还应在水龙头灭菌前取样会在龙头的里外用棉拭子涂抹取样，以检测水龙头自身污染的可能性。
　　从水库、河流、井水等取水样时，用无菌的器械或工具拿取瓶子和打开瓶塞，在流动水中取样品是瓶嘴应直接对着水流。
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